1、口味不同
花椒的麻味較輕，香味重，常用來和肉類一起烹飪，可以增加香氣，清除肉類的腥味和哈味藤椒的香味比花椒清香，麻味較花椒柔和清新，不刺激，沒有青花椒等苦澀味。
2、果實不同
藤椒和花椒的果實都是暗紅色，兩者成熟後，藤椒果皮表面有很明顯的瘤狀物，而花椒果皮表面則比較光滑。而等果實曬乾之後，藤椒的顏色是褐色，花椒的顏色則是紅色。
3、顏色不同
花椒在生時爲青色，成熟之後爲紅棕色或暗紅色，顏色很重，其中的籽爲黑色，有散生微凸起的油點藤椒的果實是青綠色和綠色的，成熟之後，果實的顏色會從青綠色漸漸變成微微的黃綠色，籽爲黑色。
4、葉片不同
藤椒和花椒的葉片也有很大的區別，藤椒的葉片相對較薄，一般樹枝的葉柄上往往長有3-5片葉片，葉片的形狀多爲羽毛形狀。而花椒的葉片則相對較厚，葉片數量也比藤椒更多，樹枝上一般長有7-9片葉片，甚至多的可以達到11-13片葉片。
5.功效不同
花椒可除各種肉類的腥氣，促進唾液分泌，增加食慾，同時花椒可使血管擴張，從而起到降低血壓的作用。一般人羣均能食用，孕婦，陰虛火旺者忌食。據《本草綱目》記載：藤椒果入藥具有散寒解毒，散淤活絡，消食健胃，增竟食慾之療效，藤椒苗果實可制幹，提取香油，即：藤椒油，它具有調味，健脾。祛風散寒之功效。良種藤椒出油率更高，現在藤椒醫用價值也是非常高的，可用於提取麻醉劑。
6、樹形不同
藤椒和花椒的外觀是不同的，一般來說花椒樹的樹冠要比較鬆散一些，樹木的枝條也要比粗壯一些。而藤椒樹則與花椒不同，藤椒樹的樹冠要緊簇一些，而且枝條要更細一些。
