MATLAB中有兩種M檔案：一種稱爲腳本檔案（類似於批處理語句），這種是不是你說的m程序，另一種是M函數（類似於函數的概念）。
（1）腳本檔案是由一系列MATLAB的命令、內置函數以及M檔案等構成的檔案，它可以由一般的編輯器進行編制，其結果儲存在相應的M檔案中。M腳本檔案的實質爲命令的集合，在MATLAB中執行M腳本檔案時，MATLAB從檔案中讀取命令執行，完成用戶的工作。
（2）MATLAB的函數與腳本不同，M函數的第一行爲關鍵字function，函數第一次執行時將生成內存代碼，生成的變量放在函數的工作區。在MATLAB中有大量的內置函數及大量的工具箱函數，使用它們可以完成大部分的工作但由於不同的用戶有不同的需要，MATLAB允許用戶開發自己的專用或通用函數，以擴展MATLAB的函數應用。
（3）S-函數，主要針對Simulink 而言，是系統函數(System Function)的簡稱，是指採用非圖形化的方式（即計算機語言，區別於Simulink 的系統模組）描述的一個功能塊。用戶可以採用MATLAB代碼，C，C++，FORTRAM或Ada等語言編寫S-函數。這裏如果採用了MATLAB代碼，通常是一個.m檔案編好的MATLAB語言程序。
另外，S-函數由一種特定的語法構成，用來描述並實現連續系統、離散系統以及複合系統等動態系統S-函數能夠接收來自Simulink求解器的相關資訊，並對求解器發出的命令做出適當的響應，這種交互作用非常類似於Simulink系統模組與求解器的交互作用。
