一般情況下檸檬可以直接放在紙箱裏，放在陰涼通風處儲存。也可以將檸檬放在保鮮袋裏密封之後放冰箱冷藏儲存。或者直接將檸檬切片曬乾進行儲存。
把檸檬切好片，多加糖醃，或者加蜂蜜，可以儲存很久，喝的時候拿出來衝。
檸檬的切口容易乾燥、變質，因此，最好能夠在新鮮時用完。但想如果實在用不完，可以將每個檸檬用保鮮膜包起，放在冰要用完整顆的檸檬並不容易。檸檬一旦切開，維他命c很容易被破壞，切口的部分容易氧化，變成咖啡色。所以，應該儘可能一次用完。
箱內儲存。如果在用保鮮膜包起後，放入密閉容器中，再放入冰箱中儲存，將可以更加保持檸檬的美味。
只需要果汁時，也可以將檸檬榨汁後加以冷凍。可以將榨出的果汁放在密閉容器中加以儲存，或是冷凍後製成小冰塊。切片檸檬的用途有限，但榨成果汁後，使用更加方便。
爲了能夠充分攝取檸檬中的維他命，無論使用何一種儲存方法，都要儘可能及時用完。還末使用的新鮮檸檬可以用保鮮膜包起，防止乾燥，通常可以在冰箱內儲存很久。
1、把整顆檸檬放入冰箱冷凍兩個小時，時間不要太長，取出後剛好能切動就可以
2、取出凍好的檸檬，同樣切去頭尾，均勻切片，冷凍後再切的好處就是，最大限度保留汁液不會流失
3、把切好的檸檬片疊放進保鮮盒中，放入冰箱冷凍，這樣每次拿取的時候也會是一片片的不容易粘黏。
