把檸檬切好片，多加糖醃，或者加蜂蜜，可以儲存很久，喝的時候拿出來衝。
檸檬的切口容易乾燥、變質，因此，最好能夠在新鮮時用完。但想如果實在用不完，可以將每個檸檬用保鮮膜包起，放在冰要用完整顆的檸檬並不容易。檸檬一旦切開，維他命c很容易被破壞，切口的部分容易氧化，變成咖啡色。所以，應該儘可能一次用完。
箱內儲存。如果在用保鮮膜包起後，放入密閉容器中，再放入冰箱中儲存，將可以更加保持檸檬的美味。
只需要果汁時，也可以將檸檬榨汁後加以冷凍。可以將榨出的果汁放在密閉容器中加以儲存，或是冷凍後製成小冰塊。切片檸檬的用途有限，但榨成果汁後，使用更加方便。
爲了能夠充分攝取檸檬中的維他命，無論使用何一種儲存方法，都要儘可能及時用完。還末使用的新鮮檸檬可以用保鮮膜包起，防止乾燥，通常可以在冰箱內儲存很久。
完整的檸檬在常溫下可以儲存一個月左右。檸檬在氧氣濃度低於3%、二氧化碳濃度高於10%的條件下貯藏一段時間，會對風味產生不良的影響。10%以上的二氧化碳可增加檸檬的腐爛和減少酸味。氧氣低於5%可引起檸檬變味。把檸檬用保鮮紙包好放進冰箱，這是最簡單又最容易的方法。 檸檬切開後一次吃不完，可以切片放在蜂蜜中醃漬，日後拿出來泡水喝也可切片放在冰糖或白糖中醃漬，也可用來泡水喝。不過兩種都要保證不要帶水，否則有可能會爛掉。
常溫儲存
完整的檸檬常溫儲存最簡單，可將檸檬放在通風陰涼處儲存即可。一般新鮮的檸檬可常溫存放一個月左右。
冰箱冷藏儲存
氣溫較高時，可將檸檬放入冰箱冷藏室冷藏儲存，不選擇冷凍，因爲氣溫太低會把檸檬凍壞。
