主要是透過出芽的方式進行無性生殖。在良好的營養和生長條件下，酵母菌生長迅速。這時可以看到所有細胞都長有芽體，而且在芽體上還可形成新的芽體，所以經常可以見到呈簇狀的細胞團。
酵母菌的生殖方式分無性繁殖和有性繁殖兩大類。
無性繁殖包括：芽殖，裂殖，芽裂。有性繁殖方式：子囊孢子。
芽殖：這是酵母菌進行無性繁殖的主要方式。成熟的酵母菌細胞，先長出一個小芽，芽細胞長到一定程度，脫離母細胞繼續生長，而後形成新個體。有多邊出芽、兩端出芽、和三邊出芽。
裂殖：少數種類的酵母菌與細菌一樣，借細胞橫分裂而繁殖。
芽裂：母細胞總在一端出芽，並在芽基處形成隔膜，子細胞呈瓶狀。這種方式很少。
子囊孢子：在營養狀況不好時，一些可進行有性生殖的酵母會形成孢子（一般來說是四個），在條件適合時再萌發。一些酵母，如假絲酵母（或稱念珠菌，Candida）不能進行有性繁殖。
