1、自然發酵發酵時間不夠，發酵不充分
一些用戶使用自然發酵，直接將花生麩和糖蜜等投入到池子裏，然後讓其自然發酵，這種發酵方式比較慢，一般需要2-3個月以上，甚至半年才能發酵完成，甚至有人發酵1年的花生麩，去使用時還是會燒根。
一些農友等不及，花生麩還未完全腐熟就去使用，經常造成燒根現象，還有就是自然發酵的花生麩，總有一部分可能發酵不充分。
2、有氧發酵卻“密閉”了
很多人使用活土君發酵王進行發酵，投入物料之後就封閉了，這就讓“好氧菌”沒法幹活了，還有一些農友使用竹竿來攪拌，這樣攪拌並不能更好的讓物料接觸到空氣，使用活土君發酵王來發酵花生麩，適時充入空氣，不僅發酵快，而且不會有臭味。
3、加水太多影響發酵
有位農友發酵2噸花生麩，原本加8噸水夠了，他加了20噸，最終導致物料很難攪拌起來，也難接觸到空氣，這種情況需要專門充氧設備
4、溫度低影響發酵
低溫引起的發酵菌繁殖速度慢，也會影響到發酵，所以冬季或者早春發酵有時候會不成功。一般在20度以上時比較適合發酵，當前這個時候是比較合適的
5、亂加物料也會影響發酵
有人在花生麩中加入大量尿素來發酵，這種做法錯誤的，花生麩碳氮比本來較低，加入尿素會進一步降低碳氮比，不利於發酵進行。
