根據側鏈R的極性不同分爲非極性和極性氨基酸
氨基酸的R基團不帶電荷或極性極微弱的屬於非極性中性氨基酸，如：甘氨酸、丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、脯氨酸。它們的R基團具有疏水性。
氨基酸的R基團帶電荷或有極性的屬於極性氨基酸，它們又可分爲：
（1）極性中性氨基酸：R基團有極性，但不解離，或僅極弱地解離，它們的R基團有親水性。如：絲氨酸、蘇氨酸、半胱氨酸、酪氨酸、谷氨醯胺、天門冬酰胺。
（2）酸性氨基酸：R基團有極性，且解離，在中性溶液中顯酸性，親水性強。如天門冬氨酸、穀氨酸。
（3）鹼性氨基酸：R基團有極性，且解離，在中性溶液中顯鹼性，親水性強。如組氨酸、賴氨酸、精氨酸。
這20種氨基酸都有各自的遺傳密碼，它們是生物合成蛋白質的構件，無種屬差異。在體內，一些特殊蛋白質分子中還含有其它氨基酸，如甲狀腺球蛋白中碘代酪氨酸，膠原蛋白中的羥脯氨酸及羥賴氨酸，某些蛋白質分子中的胱氨酸等，它們都是在蛋白質生物合成之後（或合成過程中），相應的氨基酸殘基被修飾形成的。還有的是在物質代謝過程中產生，如鳥氨酸（由精氨酸轉變來的等，這些氨基酸在生物體內都沒有相應的遺傳密碼
