生物學染料根據化學性質劃分爲：鹼性染料、酸性染料和中性染料。鹼性和酸性染料的劃分依據在於染料分子電離後的主要有色成分是陽離子還是陰離子，若染料分子電離後，有色離子爲陽離子即爲鹼性染料，若有色離子爲陰離子即爲酸性染料，而中性染料則是由鹼性染料和酸性染料混合後配製的，也稱複合染料。
鹼性染料通常能電離出無色的陰離子和有色的陽離子，如龍膽紫、亞甲基藍、美藍等酸性染料通常能電離出一些無色的陽離子和有色的陰離子，如伊紅、苦味酸、健那綠等。
生物中常用的鹼性染料
瀉藥鹼性染料：龍膽紫溶液，醋酸洋紅溶液（染色體易被鹼性染料染成深色）美蘭（選修部分）酸性染料：伊紅，剛果紅（選修，幾乎不會考它的性質）
