程序檔案是在質量管理體系中質量手冊的下一級檔案層次，規定某項工作的一般過程。再下一級檔案層次是作業指導書。程序檔案存儲的是程序，包括源程序和可執行程序。這裏的程序與計算機技術中的程序並不相同，程序在這裏指是爲完成某項活動所規定的方法。
管理制度是組織、機構、單位管理的工具，對一定的管理機制、管理原則、管理方法以及管理機構設定的規範。它是實施一定的管理行爲的依據，是社會再生產過程順利進行的保證。合理的管理制度可以簡化管理過程，提高管理效率。
管理辦法是綜合性的規定，是指導性或指令性的規定，而程序檔案側重於一件事物的程序要求，做事的順序規定，管理辦法是列入手冊一級檔案，程序檔案是第二級層次的檔案。
