野生菌種的收集方法主要有：
1、收集地方：可以在當地山上落葉聚集較多的山谷、樹林中採集。
2、具體辦法：把做的稍微有一點硬的大米飯(1kg～1．5kg)，裝入用乾淨杉木板做的小木箱(25cm×20cm×10cm)約三分之一，大米飯上面蓋上宣紙，封好口，將其埋在當地山上落葉聚集較多的山谷樹林中。
爲防止野生動物糟蹋，木箱最好罩上鐵絲網。夏季經三～五天，春秋經六～七天，周邊的土著微生物潛入到米飯中，在米飯上形成白色菌落（放置時間稍長時會形成各種顏色菌落，雖然也能利用，但最好還是用白色菌落）。
3、擴陪方法：土著菌採集成功後摻入原材料量1/3左右的紅糖，將其混合均勻(數量按罈子容量的三分之一)，把變的稀軟狀態的米飯裝入罈子裏，蓋上宣紙，用線繩繫好口，放置在溫度18℃左右地方。
大約放置7天左右，就會變成濃稠液體狀態，飯粒多少會有些殘留，但不礙事。簡單過濾後就是土着微生物菌種原液。 用的時候直接稀釋後和EM菌種原液一起使用！
有三種方法
一，組織分離法，就是透過無菌操作，把子實體其中的一部分，分離出來進行培養。
二，孢子彈射法，就是利用子實體彈射出的孢子進行培養。
三，菌絲體分離法，就是採用子實體下面的菌絲體進行培養。
採集方法：
一、菌種篩選指將從自然界或實驗室保藏的菌株中用不同方法選出具有特殊性能的菌株，如篩選抗生菌時可用能對其產生拮抗作用的菌作爲篩選對象進行篩選，在篩選能利用烴類的菌時可用僅含烴類的培養基進行篩選。
二、從自然界微生物中篩選某菌種的一般步驟是：採集菌樣，富集培養，純種分離，性能測定。不同微生物的生存環境不同，獲得理想微生物的第一步是從適合的環境採集菌樣，然後再按一定的方法分離、純化。
採野生菌方法技巧：
一、把香菇下面的莖剪掉
二、平放在深色的紙上，並使香菇的正面朝上（顏色深的面）
三、淺的面（有一愣一愣條紋）的朝紙（這裏面含孢子）
四、然後用透明的玻璃杯罩住（在外面可以觀察），以免散落的孢子被風吹散。
五、大概過一天，可以採集到孢子。 因爲孢子印是白色的。顏色淺的紙是看不到的。
