泡菜發酵初期，由於有裝壇時帶入的殘餘空氣，乳酸發酵並不活躍，主要是菜中帶入的其他微生物在行發酵作用，如大腸桿菌、酵母菌等。
發酵中期，壇中氧氣已經消耗盡，乳酸菌成爲生長優勢菌，乳酸開始大量積累，抑制了除乳酸菌以外的幾乎所有微生物的生長。此階段，只有乳酸菌的發酵作用。到了發酵後期，由於乳酸積累過多，連乳酸菌的生長都被抑制了，此時，發酵作用已基本停止，主要是乳酸、乙酸及其他微量有機酸與前期產生的少量醇類物質發生的酯化反應，給予泡菜以特別的香氣和香味。
泡菜製作過程的發酵主要是乳酸菌進行的無氧發酵。
利用酵母、乳酸菌等多種微生物對泡菜中的碳水化合物進行生物降解，在多種酶的生物催化作用下，泡菜中的長鏈分子糖類在乳酸菌等微生物細胞內氧化爲3-5個碳原子的短鏈有機酸，使泡菜呈酸性，以抑制和殺滅其他有害的腐敗微生物的過程，就是泡菜的發酵過程。
