1、發酵溫度：根據菌類生長的條件嚴格控制罐內溫度，透過溫度計進行檢測，並以間接方式進行升溫或降溫控制與調節。先進的設備均可實現溫度的自動化測試、記錄和控制。
2、發酵罐內的壓力：罐內保持一定的壓力可有效地防止雜菌的侵入。一般種子罐壓力爲4.9MPa，發酵罐壓力爲2.9～4.9MPa。
3、通氣與攪拌：好氧菌需要有足夠的氧氣才能快速繁殖與生長，爲此必須通入無菌的空氣。由於不同菌種以及同一菌種在不同的發酵階段對氧的需求量各不相同，因此必須根據實際情況確定通氣量和攪拌速度。發酵液中的溶解氧可經自動測試儀測定，也可以亞硫酸鈉滴定。
4、pH值：發酵液的酸鹼度對發酵影響很大，必須透過反覆精確實驗，方可確定某微生物生長和繁殖的最適pH值，並應在發酵過程中自動控制與嚴格地調節。
