在氨基酸組成和數量上有一定的不同。
植物蛋白缺乏免疫球蛋白，穀物相對缺乏賴氨酸，和其他成分。植物蛋白的吸收相對較動物蛋白困難，植物蛋白質很難消化因爲被纖維包裹。與人類營養結構相比，動物蛋白更適合人類，其蛋白質類型和結構更接近人體的蛋白質結構和數量。
1、結構和存在方式不同
植物蛋白的二級結構以β-摺疊爲主，而動物蛋白以α-螺旋爲主。從蛋白質在食物中的存在狀態看，植物蛋白往往與碳水化合物（非澱粉多糖和膳食纖維）結合在一起，動物蛋白則主要與脂肪共存。
2、消化率不同
植物蛋白常常與植酸、蛋白酶抑制劑、植物血凝素和鞣酸等影響蛋白質消化的抗營養因子共存。加上結構上的差異，植物蛋白的消化率往往比動物蛋白要低。
植物蛋白和動物蛋白主要是在營養價值、易吸收性方面有區別。植物蛋白顧名思義，其營養成分主要來源於植物，包括豆類、薯類、穀類、堅果和種子等，植物蛋白當中含有較多的纖維素，但是缺乏某些人體必需的氨基酸，如賴氨酸、色氨酸、蘇氨酸等。
相比較於動物蛋白吸收更困難，但是可有效促進胃腸道蠕動，裏面含有的飽和脂肪酸成分較少。
