轉基因大豆與普通大豆的區別首先看形狀，非轉基因大豆的形狀是橢圓形的，有點扁。而轉基因大豆的形狀是滾圓形的。
看顏色，轉基因黃豆顏色一般都統一黃色，沒有明顯深淺變化，也沒有黃綠自然漸變由於非轉基因黃豆有生豆到熟豆的過程中，顏色有青綠色到黃色自然變化，有個別黃豆沒有完全成熟就被收割了，這些嫩黃豆就帶點綠色和偏綠色。
看顆粒之間的大小，非轉基因大豆顆粒與顆粒之間的大小都不怎麼一樣。而轉基因大豆的大小都基本一樣，像一個模子刻出來一樣，沒有明顯大小區別。
看個頭大小，非轉基因黃豆一般比轉基因黃豆個頭大。
主要的區別是形狀不同和營養成分不同，轉基因大豆顆粒比較圓潤大豆的顏色和亮度都是比較好的，非轉基因大豆形狀大小不一表面顏色比較自然。非轉基因大豆再用清水浸泡一段時間後會發芽，對於溫度和水分要求不是特別嚴格，轉基因大豆打出的豆漿沒有大豆味道。
一般轉基因大豆和普通大豆區別有
一是顏色上區別：非轉基因大豆的“肚臍”是淺褐色的。而轉基因大豆的“肚臍”是黃褐色的。
二是發芽率有區別：用水浸泡大豆三天，轉基因大豆有發芽的，但是不多。而正常的非轉基因大豆基本就能看到芽苗生長出來。
三是蟲蛀痕跡有區別：由於轉基因大豆轉入了抗蟲、抗藥的基因，所以轉基因的大豆通常形態整潔，幾乎看不到任何蟲蛀痕跡。而非轉基因若是儲存不當便容易生蟲的。
