主要的區別是形狀不同和營養成分不同，轉基因大豆顆粒比較圓潤大豆的顏色和亮度都是比較好的，非轉基因大豆形狀大小不一表面顏色比較自然。
非轉基因大豆再用清水浸泡一段時間後會發芽，對於溫度和水分要求不是特別嚴格，轉基因大豆打出的豆漿沒有大豆味道。
1、非轉基因：爲橢圓形狀，有點扁。肚臍爲淺褐色。豆大小不一。轉基因：爲圓形，滾圓。肚臍爲黃色或黃褐色。豆大小差不多。
2、轉基因大豆沒有活性，不能發芽，容易發出臭味，對水體有嚴重污染。非轉基因大豆活性良好，能發芽，沒有異味，對水體沒有污染。
非轉基因大豆是橢圓形的，看起來有點扁，大小不均，有胖有瘦。而轉基因大豆是圓滾滾的顆粒，大小很均勻。
第2個、看顏色
非轉基因的黃豆由生到熟有一個完整的生物過程，所以顏色有青綠和黃色的變化，有個別黃豆並沒有完全成熟就被收穫了，所以有些黃豆帶有點綠色。而轉基因黃豆的顏色一般都是黃色的，色彩深淺沒有太大的變化，更沒有黃綠的顏色漸變。
第3個、看黃豆的肚臍
肚臍就是豆子的芽縫處，轉基因黃豆的肚臍不明顯，肚臍的顏色和豆子的顏色很很相似，而非轉基因的豆子肚臍顏色是棕色的，有深有淺，還能看到一條乳白色的開芽縫，就是長芽的地方。
第4個、看發芽
天然黃豆用水浸泡三天後就會長出芽，而轉基因黃豆是不會發芽的
