同源蛋白：氨基酸序列具有明顯的相似性，在不同生物體或同一機體內行使相同或相似功能的蛋白質。
同源蛋白質具有物種差異性和共同的進化起源。研究發現，同源蛋白質越接近，物種的親緣關係越親。
蛋白的同源性可以從兩方面來說，一個是功能性同源，一個是結構性同源。
對於功能性同源，就是說兩種蛋白在不同的生物體呢的功能是相同的，也就是說對與a蛋白在A物種的作用，如果a蛋白缺失，那麼在B物種的b蛋白可以代替a蛋白在A物種中發揮作用。
對於結構性同源也就是說，其編碼的基因序列相似，其氨基酸序列相似，包括後期的蛋白空間結構，蛋白在細胞中的定位都很相似，這些都是可以透過實驗方法得到驗證的。
