在審計實務中，就要針對各自的特點選擇與之相適用的審計方法。
一、基本分析法
這類審計方法，主要運用於行政事業單位領導人的經濟責任審計。
行政事業單位的特點是：承擔着國家宏觀經濟管理和行政執法的職責，或者擔負一定社會公益的職能。
經費全部或絕大部分由財政供給，有一部分規費收入和罰沒收入，按現行財政管理體制各單位的規費收入和罰沒收入實行財政“收支兩條線”管理辦法。
基本分析法，就是要針對行政事業單位的以上特點，首先了解單位的人員編制情況，結合人員編制情況，分析經費中人員經費是否合理。
其次是瞭解單位的行政職能和管轄範圍，對比分析公務費開支的合理性。
第三是瞭解維持行政職能的資產總量是多少，財政覈定的年度經費預算額度和有無專項資金收入，分析研究領導任期內主要財務收支活動的合理合法性。
在以上基本分析的基礎上，對變動比較大和顯著不合理的地方，再採用常規審計手段進行深入覈實，調查取證。
對一些宏觀經濟管理部門和有一定收入的事業單位，需要分析的內容要複雜一點，但是按照基本分析法的邏輯思路，仍然可以達到提高效益的目的。
二、指標修正法
縣、市區長作爲一級行政區域的行政首長，全面負責一個地區的經濟工作，其擔負的經濟責任有其自身的特點：
一是經濟責任評價指標內容廣泛，往往涉及到一個或幾個指標體系，有些指標是建立在有完備會計資料基礎上的財政財務收支指標。
二是經濟責任評價指標的綜合性強，如國內生產總值、人均GDP指標、經濟增長率、財政收支規模等，單純地透過對其行政區域內的財政收支活動來評價領導者的經濟責任，既不全面也不準確。
只有對業已形成的完備的指標體系進行必要的審覈修正，才能用這些量化的經濟指標來評價和界定被審計對象的責任，這樣的評價才具有全面性、客觀性，纔可以防範以偏概全、以點帶面造成的審計風險。
採用指標修正法，就是在運用綜合經濟指標對縣、市區長經濟責任進行評價時，不能照搬照抄業已形成的各項指標形成審計評價結論，而是對需要運用的指標分類進行處理，對有健全會計資料的財政、財務收支，專項投資等重要經濟指標，應當堅持運用審計手段進行查證覈實，對建立在統計基礎上的社會經濟發展指標，要運用抽樣調查、因素分析等方法，對重要經濟指標的可信度進行驗證，對明顯有粗估冒算、泡沫水分的虛假經濟指標，要堅決予以修正，以防止由於運用了虛假的經濟指標而對被審計對象得出錯誤的評價結論。
三、結果利用法
在經濟責任審計中，存在着被審計單位的領導幹部任職期間長、責任範圍廣的問題。
要在有限的審計時間內，全面、完整、真實地評價和界定被審計單位責任人的經濟責任，就需要充分地利用已有的審計結果和其它與經濟責任相聯繫的結論。
一是在縣市區長經濟責任審計中，要分析利用各類專業審計的審計結果，因爲專業審計往往在某一方面着力較多，查處較細，對違紀違規問題反映比較全面。如對虛增財政收支規模、擠佔預算專項資金、自立收費項目等問題，主要分析運用原財政預算決算審計、專項資金審計和投資項目審計的結論。
二是對任期較長的領導幹部經濟責任審計中，審計人員要對被審計對象任職期間已進行過的各類審計結果（包括上級審計機關的專門審計和本級審計機關的階段性審計）和紀檢監察部門的結論，以及法院對該單位涉及經濟問題的判決都要進行收集整理，對與經濟責任審計評價有聯繫的結論都要進行認真的分析研究，對內容翔實、結論可靠的就要加以利用，對違紀問題表述含糊，運用法規不適當，結論可靠性有疑問的要進行必要的審計複覈和審計調查，在充分甄別的基礎上，決定取捨。
三是對企業領導人的經濟責任審計中，要充分利用社會審計組織的審計結果。
四、線索篩選法
由於經濟責任審計是人格化的審計，審計的範圍超出了單位財政、財務收支的範疇，審計的對象直接針對的是被審計單位的主要領導幹部所承擔責任的經濟活動，在審計實施前，要向紀檢等部門發詢證函，在進點後要進行審前公告，要求被審計單位對提供的會計資料的完整性、真實性實行審計承諾，這些方法的運用拓展了審計發現問題的途徑。
但是對多種途徑彙集來的各種問題線索要進行篩選，把那些確實與被審計對象經濟責任有關係的問題進行整理，在審計中加以關注或者進行必要的調查覈實，以增強經濟責任審計中對領導幹部廉政問題的評價內容。
但對以下問題的線索要進行必要的處理：
一是不屬於領導幹部經濟責任範疇內的問題，如人事安排問題、濫用行政職權問題，要移送有法定職權的部門進行處理。
二是與本單位或領導人員負主管責任的下屬單位的財政、財務收支沒有關係的問題，審計不予涉及。
三是與責任人個人廉政行爲沒有經濟關係的問題，一般不予涉及。
對涉及責任人負有主管責任的所屬單位的幹部個人經濟問題，如果是在審計範圍之內的，必須進行查處，是審計範圍之外的要將有關材料移送有管轄權的部門進行處理，發現有明顯犯罪事實的可移送司法部門進行處理。
四是對與被審計單位和責任人有牽連的重要經濟問題在審計過程中，要予以重點落實
1、圍繞資產、負債、損益的真實性開展審計
審計人員主要審查資產負債的真實性、合法性和有效性，一般檢查賬簿是否一致，其債權債務的發生、償還和增減是否真實合法，是否存在爭議問題。損益方面，主要審查影響損益的各種因素，如收入、成本和費用。
2、圍繞主要經濟指標和經營目標完成情況開展審計
審計人員將透過大量細緻的實質性測試，驗證和確認企業上級單位和企業設定的經營目標是否實現，產值、成本、利潤等經濟指標是否完成，是否存在潛在虧損，虛假或隱蔽的指標，以全面衡量被審計單位的績效，評價企業的績效。
3、圍繞內部控制制度開展審計
審計人員主要檢查被審計單位是否按照國家法律法規的要求，再融合被審計單位的實際情況，制定科學、合理、完善的內部控制制度，企業執行是不是嚴苛、有效，有沒有存在失控點，有沒有存在因制度不完善或執行不力導致的違紀行爲，發現問題有沒有及時採取措施加以改進。
4、圍繞資產安全、完整和保值增值開展審計
審計人員主要檢查資產的管理、使用、維護和增值情況，具體檢查貨幣資金的真實性、固定資產賬目是否與事實相符、是否存在公私合營、毀損、滅失、是否存在非法使用資金等情況，債權是否真實。透過比較被審計單位就任前後的淨資產，剔除異常因素，計算資產的保值增值率和資產收益率，以評估資產在其任職期間是否保值增值。
5、圍繞重大經營決策開展審計
審覈員主要檢查被審覈方是否能夠建立穩定和可持續的業務目標。重大決策是否按照決策程序作出，是否存在濫用職權、武斷等問題決策是否符合民主集中制原則，是否存在因短期利益和個人利益而損害組織利益的行爲經營決策是否存在重大失誤、後果是否嚴重、經濟效益是否顯著。
6、圍繞財經法紀開展審計
審計人員主要是根據財務收支進行審計，檢查企業經濟行爲的真實性和合法性。主要是審查企業有沒有瞞報、轉移收支、私設小金庫有沒有違規的支出範圍和標準，隨意分攤成本和費用的行爲有沒有存在濫發獎金、實物補貼、公款款待禮品、鋪張浪費等現象有沒有虛報盈利、遮蓋虧空及其潛虧倒帳等問題。被審計單位在經濟活動中是否有以權謀私、貪污受賄的行爲，是否教唆、教唆、強迫財務人員虛報賬目、虛報經濟指標、違反金融法律、泄露稅收等行爲。
總而言之，企業經濟責任審計不僅可以作爲考覈的重要依據，而且可以促進企業管理的科學化、規範化。
