民用航空局成立一週後，中國共產黨成功策動“兩航起義”。原屬國民黨政府的中國航空、中央航空兩家公司12架飛機從香港啓德機場起飛後，悄悄改變了航向，一路向北抵達北京、天津。
“兩航起義”給國民黨政權帶來沉重打擊，同時也爲新中國民航的發展提供了重要的人才和技術基礎。“兩航起義”參與者鄧福慶說，這12架起義飛機和後來由“兩航”機務人員修復的國民黨遺留在大陸的十幾架飛機構成了新中國民航初期的機羣主體。
鄧福慶：當時中國民航只有不到30架飛機。其中12架是“兩航起義”從香港飛回來的，還有17架是國民黨政權遺留在大陸上經過修復使用的。全國可供使用的飛機場就三十多個，全中國民航只有一個飛行大隊，飛行員只有七八十個人。
