準確的說，二氧化硅是原子晶體，和分子晶體不同，其晶體最小重複單元是原子，從這個角度看當然可以說二氧化硅由氧原子和硅原子構成。
但是，這些原子之間是以共價鍵進行連接的，可以的話甚至可以將一整塊晶體看作一個巨大的分子（事實上這也正是原子晶體熔沸點很高的原因，因爲要打斷生成能量很高的共價鍵），因此二氧化硅晶體是不存在遊離的氧原子和硅原子的。
因爲二氧化硅晶體結構中，每個硅原子結合4個氧原子，同時每個氧原子結合2個硅原子。所以說二氧化硅的化學式是SiO2。
在二氧化硅晶體中每個硅原子與周圍的四個氧原子的成鍵情況與金剛石晶體中的碳原子與周圍的其它碳原子連接的情況是相同的。
