1、科屬不同
枳樹是芸香科枳屬落葉灌木或小喬木。
檸檬又稱檸果、洋檸檬、益母果等，芸香科柑橘屬植物。
2、產地不同
枳樹，小喬木，高1-5米，樹冠傘形或圓頭形。枝綠色，嫩枝扁，有縱棱，刺長達4釐米，刺尖乾枯狀，紅褐色，基部扁平。果近圓球形或梨形，大小差異較大，果頂微凹，有環圈，果皮暗黃色，粗糙，也有無環圈，果皮平滑的，油胞小而密，果心充實，瓢囊6-8瓣，汁胞有短柄，果肉含粘腋，微有香櫞氣味，甚酸且苦，帶澀味，有種子20-50粒種子闊卵形，乳白或乳黃色，有粘液，平滑或間有不明顯的細脈紋，長9-12毫米。花期5-6月，果期10-11月。
檸檬，小喬木，枝少刺或近於無刺，嫩葉及花芽暗紫紅色，葉片厚紙質，卵形或橢圓形。單花腋生或少花簇生。果橢圓形或卵形，果皮厚，通常粗糙，檸檬黃色，果汁酸至甚酸，種子小，卵形，端尖種皮平滑，子葉乳白色，通常單或兼有多胚。花期4-5月，果期9-11月。
