結構式表示爲:
6 CH2OH O OH O 3 2 NH2 n
殼聚糖（chitosan）甲殼素N-脫乙酰基的產物，甲殼素（幾丁質）、殼聚糖、纖維素三者具有相近的化學結構，纖維素在C2位上是羥基，甲殼素、殼聚糖在C2位上分別被一個乙酰氨基和氨基所代替，甲殼素和殼聚糖具有生物降解性、細胞親和性和生物效應等許多獨特的性質，尤其是含有遊離氨基的殼聚糖，是天然多糖中唯一的鹼性多糖。
殼聚糖分子結構中的氨基基團比甲殼素分子中的乙酰氨基基團反應活性更強，使得該多糖具有優異的生物學功能並能進行化學修飾反應。因此，殼聚糖被認爲是比纖維素具有更大應用潛力的功能性生物材料。
