檸檬水如果放在冰箱的話可以儲存一個星期的時間，時間久了檸檬會變黑的，那樣說明檸檬已經壞了，蜂蜜也會跟着變質的，最好就是用少量的蜂蜜和檸檬來泡製，一般情況下醃製2-3天就可以喝了，少量的醃製我感覺是最好的，這樣才能更保質。
新鮮自制的檸檬水的保質期一般都不會太久，大概兩週到一個月左右不定，要看密封的情況以及儲存的環境。製作檸檬蜂蜜要適量放檸檬，浸泡的玻璃罐子要密封好，這樣放入冰箱的冷藏室就能夠儲存得久一些。
剛開始時由於檸檬片裏面含有水分，這是正常現象，不影響食用。檸檬是酸的長期用塑料罐裝可能存在反應，最好是用玻璃罐裝。
檸檬水常溫下24小時內建議喝完。
檸檬水放冰箱冷藏，能存放3至5天。泡檸檬的水如果太涼，其香味不容易被泡出來。如果沸水沖泡，則又會有較多的苦味物質溶出。因此，沖泡檸檬的水溫建議在60至70攝氏度比較適宜。
檸檬水加一點蜂蜜或白糖會更好喝。但是，淡甜的檸檬水大約含有5%的糖，一杯(200克)加糖蜂蜜水中含能量40千卡，如果喝兩杯，就相當於吃1/4碗米飯，所以需要控制體重的人要限量。
