分離定律主要針對的是核基因（位於細胞核內的基因）的規律，而位於細胞質內的質基因（存在於線粒體、葉綠體中）不適用。
質基因的遺傳分配是不會和核基因一樣複製成姐妹染色單體再均分到兩個細胞之中，而是隨着細胞質的分配跟着線粒體進入兩個細胞中。細胞複製時受精卵細胞質幾乎都來自卵細胞，故細胞質遺傳擁有母系遺傳特點，子代的性狀完全由母本決定而與父本無關，又因爲細胞質的分配是隨機分配的，子代分離時各種性狀不形成一定的比例。
不遵循。線粒體存在於細胞質中，屬於細胞質遺傳。因爲精子幾乎沒有細胞質，細胞質幾乎都來自於卵子（即母方），所以線粒體的基因一般遵循母系遺傳規律，即受精卵線粒體基因一定與母方的卵子一致，與父方無關。這顯然不遵循分離定律。
