在木星的兩極地區，這樣的現象要弱一些，木星的高層大氣也會往兩極地區集中，因此純淨的大氣比較多，而大氣層又比較容易吸收藍色的光線，就好像我們地球大氣層的顏色一樣，所以看上去就會偏藍色了，同時木星的磁場又比較強，會吸引來到它身邊的太陽風飛向它的兩極地區，這樣又容易產生極光，而極光的顏色也是偏藍綠色的，再加上木星的兩極因爲未受太陽光直射，光線比較暗，即便有橘紅色和白色的雲也不容易看到，因此在木星兩極大氣吸收藍色光，並且因爲極光作用的情況下，看上去就容易顯示出深藍色了。
木星是一顆氣態巨行星，我們所能看到的木星上事物都是其大氣層，大氣層之下的事物是看不到的，因此木星上的顏色和形態上的變化也是木星大氣層的變化，在它的數千公里厚的大氣層的下面是被巨大的壓力壓成液體的氫的海洋，在厚厚的液態氫的下面又是一層金屬氫，金屬氫的內部有一個巖質內核，但裏面的溫度很高，木星最中心的溫度被認爲在3萬攝氏度以上，但是表層的溫度卻在零下148攝氏度左右。
