區別一，是否屬於國家體制內。備案制就是合同制，體制外的，不是正式的。編內是體制內的，正式的。
區別二，單位和員工互相選擇的權限。備案制，單位和員工互相選擇的範圍更大些，簽訂的合同到期了，單位與備案制員工可以續簽，也可以不籤，根據具體情況而定，雙方的選擇空間更大。使得員工自由執業的可能性更大。
編制內，單位和員工互相選擇的範圍很小，一般情況下，除非員工辭職或者員工違法犯罪，否則單位不能無故解聘，使得員工自由執業的可能性更小。
區別三，享受的社會保障有差別。備案制，職工按照當地有關的勞動法，可享受五險（即養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險、生育保險）社會保障，但沒有二金（住房公積金和職業年金）。
編制內，職工享受的工資待遇，按照人社部門規定的標準來計發，可享受二金五險（即養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險、生育保險和住房公積金、職業年金）的社會保障。
區別四，工作的穩定性。備案制，較穩定。編制內，很穩定。
區別五，享受的工資待遇。備案制，比常說的合同工的待遇提高，作爲醫生的待遇比較高，該有的一般都有。編制內，比備案制員工高，醫生待遇相當不錯。
區別六，前景有細微差別。備案制，如果長期在醫院上班，前途較爲不明朗。但若選擇出外創業，開診所或者做與專業相關的工作，前途很好。編制內，如果長期在醫院工作，前途廣闊（一般編制內的醫生較少離職，故不討論離職）
區別七，對於在編職工而言，編制意味你擁有一份非常穩定的工作，除非違法，否則一般都不會被解聘。編制備案制就是將原來合同工的待遇提高，但又不是“鐵飯碗”。
公務員編制是行政編制，是政府機關的正式人員，有實權的那種。但是在個別事業單位也會有實行公務員管理的隊伍，這類人羣也屬於行政編，也就是我們常見的參公職位。
備案制，單位和員工互相選擇的範圍更大些，簽訂的合同到期了，單位與備案制員工可以續簽，也可以不籤，根據具體情況而定，雙方的選擇空間更大。使得員工自由執業的可能性更大。
