檸檬嫁接和原生的區別主要有以下這幾點：
1、繁殖方式不同，嫁接苗是把某一個品種的枝條或者芽，嫁接到另外一顆植株的枝幹或者根部上。原生苗是使用播種苗、野生原生苗或者是用這兩種苗木透過的移植的移植苗等。
2、品質好壞不同，嫁接苗的適應能力很強，在果樹的栽培上普遍都會用到，就是繁殖速度以及繁殖的量都不是很理想。原生苗壽命時間長，生長旺盛，可是純度並不高，很容易會變種。
3、成活率不同，一般嫁接苗跟原生苗對比，成活率會稍微高一點。
4、價格不同，原生苗的價格貴一點，嫁接苗的價格便宜一點。
嫁接的檸檬樹都能結果，且效率高，但是掛果年限短，果量少，幾年以後就沒有果實了。原生的就是我們種子種出來的，五年左右開始結果，結果數量多、結果年限長。檸檬籽種出的檸檬樹不嫁接可以開花結果 只是需要的時間比較長久。檸檬也可嫁接成橘子。檸檬籽種出的檸檬樹不嫁接可以開花結果 只是需要的時間比較長久。
檸檬原生苗是用檸檬的種子進行播種培育後的苗，而檸檬嫁接苗則是透過不同的嫁接方法培育出來的，屬於無性繁殖。
檸檬原生苗在培育過程中，會發育出根系組織，存活率會更高，而且品質更爲健康，適應性更強，而檸檬嫁接苗的成活率以及品質優劣就取決於嫁接的方法了。
檸檬原生苗的根系易於繁殖成長，所花費的成本就少，而且生命力更旺盛，不過成長時間比較長，檸檬嫁接苗就改進了實生苗生長慢的缺點，可以早開花結果。
