二者的主要區別如下：
第一、二者的繁殖方式不一樣：嫁接是透過把優選的品種的枝條或者芽嫁接到柚樹的枝幹或者根部上進行繁殖而原生柚樹是直接播種或移植野生柚樹苗進行繁殖生長。
第二、二者的外觀會有區別：其中在枝幹基部，嫁接的有疤，而原生桐木則沒有。
第三、二者的品質好壞不一樣：其中嫁接的適應能力很強，但繁殖速度以及繁殖的量相比原生桐樹會略差，而原生桐樹則相對壽命時間長，生長旺盛，問題是純度不高，很容易會變種。
第四、二者的成活率不一樣：其中嫁接的跟原生對比，成活率會稍微高一點。
第五、二者的價格不一樣：其中嫁接的價格一般會便宜一點。
