魚主要是用鰓呼吸，水流從口流入及有鰓孔流出，在不斷透過鰓的時候進行氣體交換。
因此魚鰓有着特殊結構。
魚一般有5對鰓弓，內緣是鰓耙、外側2個比列的鰓片，鰓片由無數的鰓絲排列構成，每條鰓絲又生出許多突起的鰓小片，鰓小片由2曾細胞組成，有着豐富的微血管，是氣體交換的場所。
相鄰的鰓小片交錯嵌合，水在其中對流，保證了血液與水之間的最大氣體交換量。
當魚離開水後鰓絲和鰓小片就彼此粘連，呼吸面積大大減小，無法補充充足的氧氣，且鰓絲暴露在空氣中，因水分蒸發引起鰓絲乾燥，破壞了鰓的結構，使其失去呼吸功能而死亡。
雖然有寫魚的面板、氣囊、腸管可以輔助呼吸，但是那些遠遠不夠。
最後特別說下：魚並不是不能直接呼吸空氣中的氧氣，只是由於鰓的水適應性結構使得它在空氣中不能獲得充足的氧氣。
