內在蛋白約佔膜蛋白的70％～80％，是雙親媒性分子，可不同程度的嵌入脂雙層分子中.有的貫穿整個脂雙層，兩端暴露於膜的內外表面，這種類型的膜蛋白又稱跨膜蛋白.內在膜蛋白露出膜外的部分含較多的極性氨基酸，屬親水性，與磷脂分子的親水頭部鄰近嵌入脂雙層內部的膜蛋白由一些非極性的氨基酸組成，與脂質分子的疏水尾部相互結合，因此與膜結合非常緊密.
內在膜蛋白與水不相溶性蛋白，形成跨膜螺旋，與膜結合緊密，需要用去垢劑使膜崩解 後纔可以分離其與膜脂結合方式爲：
1、膜蛋白的跨膜結構域與脂雙層分子的疏水核心的 相互作用
2、跨膜結構域兩端攜帶正電荷的氨基酸殘基與磷脂分子帶負電的極性頭形成離 子鍵，或透過鈣離子、鎂離子等陽離子與其相互作用
3、某些膜蛋白透過自身在細胞質基 質一側的半胱氨酸殘基上共價結合的脂肪酸分子， 插入到膜雙層之間， 有少數與糖脂共價結 合.
