步驟/方式1
物理方法，更換魚缸中的水，用軟管按照虹吸的原理將水中的魚屎連帶着水一起吸出
步驟/方式2
生物方法，在魚缸裏鋪上一層底砂，比如大理石，然後種植一定量的水生植物，底砂和水草可以沉澱吸附魚屎或者其他魚類排泄物，水缸中的有益菌可以分解魚類排泄物，水草可再次吸收利用有益菌的分解產物。
步驟/方式3
如果魚缸有過濾設備的話，也可以透過改造過濾來清理魚屎。最簡單的方法就是加裝一個造流，這樣可以定期來衝擊缸底，從而將其沖走，這樣魚屎會跟隨水流進入到濾槽中。
步驟/方式4
加強魚缸的硝化系統，魚的糞便能快速分解，就不會造成魚缸氨氮超標。
魚糞會在魚缸中產生氨氣，這種氣體對魚有毒害性，只有將魚缸的硝化系統建立好，硝化系統足夠強大，魚糞產生的氨氮物質就能很快被轉化爲無毒的硝酸鹽，不會對魚兒造成危害，也就無需擔心魚糞的清理了。
