物理清除法： 簡單的說就是拿刷子去刷，市面上賣的磁鐵刷，魚缸刷都很好用，同時並用換水，效果極佳。缺點是麻煩，角落等地方不易清除，而且常常會搞的整缸雞飛狗跳，缸子一多更是大工程。
化學清除法： 使用除藻劑，效果普通，優點是對任何藻類都有效，且可有效清除附著在水草、沉木等不易清除地方的藻類。缺點是依據品質不同對魚和生態平衡有一定程度的衝擊。
生物清除法〔最佳方式〕： 使用除藻動物來控制藻類的數量，效果爲三種中所花費時間較長，但最安全也最省力的方式。以下介紹幾種常用的除藻生物。 1.笠螺：除藻動物首推笠螺，功能大概跟磁鐵刷差不多強大。縱橫魚缸，天下無敵，連外掛過濾進水口都可以爬進去清。缺點爲移動速度緩慢，且因其爲汽水域生物〔河海交界生物〕，所以部分個體在淡水中容易死亡，只會生蛋，在正常水族箱中不會孵化。耐藥性耐鹽性極低，但因其除藻能力超強，仍居除藻生物首位。價格20~30 2.斑馬螺：或稱彩蛋羅，非蘋果螺。除藻能力略遜於笠螺，適應性特性與笠螺相同但以身上如斑馬般的鮮豔黑紋著稱。價格20~30 3.蘋果螺：除藻能力弱，且便便極多，但優點是容易繁殖，可以數量取勝，價格：隨便網路上要都有。 4.白玉飛狐：吸壁魚類的一種，體型稍大，號稱能夠有效清除黑毛藻，價格40~80。 5.小精靈：吸壁魚類的一種，好養，喜食清苔，爲清藻魚類中較爲有效的一種，價格20~25。 6.清苔鼠、黃金清苔鼠：吸壁魚類的一種，爲清藻魚類中第二大的，可長到10~15cm長，且經過多位魚友證實，只要有飼料餵的夠多，清苔鼠會去搶食飼料，而且久了之後會有慣性，從此只會等飼料，不會清藻類，所以並不建議使用清苔鼠，價格10~20。 7.琵琶鼠、黃金琵琶鼠：吸壁魚類的一種，俗稱垃圾魚，異形的一種，生存力極強，且可在臺灣溪流中繁衍，是爲臺灣生態浩劫的代表魚。同時也是清藻魚類最大的，可以長到45~60cm長，清藻功能普通，食量奇大，與清苔鼠有同樣的問題，所以除藻功能會更弱，絕不建議使用此種魚類，價格20~30。 8.黑殼蝦：除藻功能普通，推薦使用於草缸處理腐敗之葉片，對於小細縫及葉片上的藻類有意想不到的功能，能在水族箱中繁衍，但有帶菌的問題。價格：50元/兩 9.大和藻蝦：除藻功能與黑殼蝦差不多，體型較黑殼蝦大隻。
