馬克筆一般分油性和水性兩種。油性馬克筆的顏料可用甲苯稀釋，有較強的滲透力，尤其適合在描圖紙（硫酸紙）上作圖水性馬克筆的顏料可溶於水，通常用於在較緊密的卡紙或銅版紙上作畫。
在室內透視圖的繪製中，油性的馬克筆使用得更爲普遍。水性的特點是色彩鮮亮且筆觸界線明晰，和水彩筆結和用又有淡彩的效果。缺點是重疊筆觸會造成畫面髒亂。陰紙油性的特點是色彩柔和筆觸優雅自然，加之淡化筆的處理，效果很到位，缺點是難以駕馭，需多畫才行。
水性馬克筆雖然比油性馬克筆的色彩飽和度要差，但不同顏色上的疊加效果非常好。在墨線稿上反覆平鋪，墨水泛上來與水性馬克筆的顏色相混合，形成很漂亮的中間灰色。重的陰影是用油性馬克筆壓上。故水性馬克筆有機質基本色就可以了。
