《實施細則》包括總則、登記事項、登記規範、設立登記、變更登記、歇業、註銷登記、撤銷登記、檔案管理、監督管理、法律責任、附則，共計12章、82條。主要內容有：
（一）部門職責和登記管轄。在《條例》規定市場監管部門主管市場主體登記管理工作的基礎上，進一步細化了市場監管部門對登記註冊工作統籌指導和監督管理職責，包括制定登記管理制度措施、加強登記管理系統建設、歸集登記管理資訊等。爲便利羣衆辦事創業和規範管理，除《實施細則》明確由特定登記機關負責登記管轄情形外，省級市場監管部門負責就轄區內登記管理權限做出統一規定。
（二）登記事項和具體要求。一是爲便於各類市場主體登記，針對不同主體類型，全面列舉了登記事項，並就名稱、住所、法定代表人等主要登記事項的具體內容作了明確要求。二是進一步優化登記程序，根據《條例》精神，取消了受理環節，增加實名驗證、電子簽名等內容。三是根據總局貫徹落實外商投資法的檔案規定，對外商投資企業提交的身份證明、主體資格證明要求公證認證。
（三）登記程序及材料。透過共性條款加個性條款的立法安排，對設立、變更、歇業、註銷等登記所需材料及辦理要求作出規定。其中，歇業是根據《條例》新增的制度內容。考慮到歇業制度的立法本意，本着寬嚴適當的原則，對歇業條件、申請程序、提交材料、歇業期間義務、視爲歇業終止情形、歇業市場主體登記管轄等作出了具體規定。
（四）撤銷登記和檔案管理。撤銷登記和檔案管理內容首次寫入總局規章，並分別設立專章。針對虛假市場主體登記，登記機關可依申請或依職權開展調查，規定了受理、公示、中止等程序，增加了撤銷登記的可操作性。針對登記管理檔案，明確檔案包括電子檔案和傳統載體檔案，兩種檔案具有同等效力，登記機關負責建檔立卷、提供檔案查詢服務，申請查詢檔案應當提交相關的檔案，並規定了檔案遷移手續等內容。
（五）監督管理及法律責任。規定了登記機關的監管職責、監管內容、監管方式，包括信用風險分類管理、“雙隨機、一公開”監管、營業執照監管等，以及市場主體應當履行的公示、報送年度報告等法律義務。按照《無證無照經營查處辦法》精神，重申市場監管部門與其他部門關於無證無照經營查處的職責分工，市場監管部門按照《實施細則》查處未經設立登記從事一般經營活動的無照經營行爲。同時，對市場主體虛假登記、虛假出資處罰及未按規定年報、應變更未變更登記（備案）、倒賣營業執照擾亂登記註冊秩序等行爲，規定了法律責任和相應行政處罰。
