面巾紙和衛生紙在品質上主要區別在於：面巾紙一般具有溼韌強度（一種代表紙張在完全潤溼狀態下的韌性指標）。衛生紙則一般不允許具有溼韌性，以防止在使用後紙張不易分解而堵塞衛生化糞池。
衛生紙主要針對在衛生間如廁後清潔使用，而其他用來清潔臉、手等人體部位均使用面巾紙，故較重視觸感。面巾紙的產品標準是GB/T20808—2006《紙巾紙（含溼巾）》，是參考食品標準建立的而衛生紙的產品標準是GB20810—2006《衛生紙（含衛生紙原紙）》。兩者衛生標準均可依據GB15979《一次性使用衛生用品衛生標準》。
