一是科屬不同，雖都屬於鮎形目，但是清江魚是鱨科、鮠屬魚類，而湄公魚是鮎科、鮎屬魚類。
二是體表不同，清江魚的頭部比較小，有兩個背鰭，尾巴是分叉的，湄公魚頭部大，只有一個背鰭，尾巴是圓扇形的。
三是體色不同，清江魚是粉紅色，背部稍帶灰色，腹部白色。湄公魚體色多是灰黑色或者黑褐色的。
清江魚和湄公魚的區別
1、所指範圍不同：湄公魚和清江魚這兩個名詞所指的範圍是不同的，也可以說它們命名的方式是不同的。湄公魚指的是鮎形目鮎科鮎屬中的魚，指的就是這一種特定的魚，包含的範圍是比較狹窄的。而清江魚命名則是根據魚類的產地，說的是生產在湖北地區清江庫區的魚類。因此，清江魚所包含的範圍就比較廣泛了，其中包含很多品種的魚，比如紅鯉魚、黑鯉魚、鯽魚以及黑鮰魚等等，都能包括在清江魚的範圍之內。
2、分佈地區不同：湄公魚和清江魚分佈的地區就是不同的。湄公魚是東南亞地區特有的一種魚，生活在淡水之中。特別是在湄公河以及湄南河流域，清江魚的數量非常多。它們可以人工養殖，所以在其它國家也是可以養殖的，在我國也有人工養殖的清江魚。但清江魚的分佈範圍則不同，上面已經提到過了，它們是分佈在湖北省清江庫區的，單指分佈在此地的魚。
清江魚和湄公魚的區別
清江魚指的是生活在湖北清江庫區的魚，由於這裏水質良好，水源充足，所以魚的種類很多，比較常見的有清江江團，也就是鮰魚。而湄公魚指的是鯉科湄公魚屬的一種魚，也叫芒魚。它不僅味道鮮美，還有較高的營養價值。
