位於一對同源染色體上，位置相同，控制相對性狀的基因叫等位基因。在生物細胞中染色體和染色質只存在於細胞核中。原核細胞的擬核，真核細胞的線粒體和葉綠體中都不存在染色體。也就不存同源染色體和等位基因的問題。因此等位基因只存在於細胞核中。
因爲基因在細胞核內的DNA分子上，所以等位基因只在細胞核中。
生物的遺傳物質染色體在細胞核中，一條染色體中有一個DNA分子，一個DNA分子有許多含有遺傳資訊的片段即是基因。在體細胞的細胞核中染色體是成對存在的，因此基因也是成對存在的，在一對染色體的相同位置的控制同一性狀的基因我們稱作等位基因。
