一、停靠車種不同:曲阜站停靠的是普通列車曲阜東站停靠的是高速列車。
二、業務範圍不同:曲阜站即受理客運業務，同時受理貨運業務。
三、所處鐵路線不同:曲阜站是兗石鐵路線上的一個站點曲阜東站是京滬高鐵線上的一個客運站。曲阜站是兗石鐵路線上的一個三級火車站，停靠的是普通列車，同時受理貨運業務。曲阜東站是京滬高速鐵路線上的一個客運高鐵站，停靠的是高速列車。
曲阜站和曲阜東站不是同一個站，兩站之間距離大概相差4.58公里。其中曲阜站，位於濟寧市曲阜市逵泉東路，車站聯繫方式：(0537)3991516。
曲阜東站，位於濟寧市曲阜市息陬鎮孔子大道。
