洗淨並瀝乾水，放陰涼地2天，保鮮袋擠出空氣，放冰箱冷凍室冷藏，溫度設爲2~8℃。約能儲存半年。若設定溫度爲0℃以下，可以儲存兩三年。
除此之外，鮮百合還可以放在地窖儲存、用泥土儲存、用河水儲存等多種儲存方法。
用乾淨的清水將百合淹沒，然後放入冰箱2-6℃的冷藏層進行儲存，每天都要換一次水，這樣一般情況下可以儲存4-5天左右，如果放在零下的冷凍層儲存的話，大概可以儲存三個月。
真空儲存是百合儲存中最實用的方法，將鮮百合洗淨晾乾後用塑料袋將其裝起來，並用紙盒子裝着，然後放在冰箱冷藏可以儲存7-10天，冷凍可以儲存半年。
