玉髓與蛋白石的主要區別體現在

玉髓和蛋白石的主要區別是內部結構不同，顏色也不同，玉髓一般是綠色和白色居多，而蛋白石是多種彩色的寶石。這和它們的形成有關係。

玉髓屬於含水的石英體，屬於隱性晶體，主要含量二氧化硅，晶粒小於幾微米時，就組成玉髓了

而蛋白石是一種含水的非晶質的二氧化硅。主要是二氧化硅的膠體沉澱形成的。原石是二氧化硅交代所致。蛋白石之所以有多種顏色，是因爲構成歐泊主體的非晶質二氧化硅球體大小不同，由於光的衍射作用，分解出相應光譜的顏色。它在礦物學中屬蛋白石類，是具有變彩效應的寶石。