有區別。
1、辦理條件方面會有所不同
下面以北京爲例：
按照北京市公安局的規定：公安機關不受理團隊辦理港澳通行證，只受理個人申請。
北京市戶籍居民或符合異地辦證條件的非本市戶籍居民參加國家旅遊局指定旅行社組織的團隊赴香港或者澳門旅遊，並隨旅遊團出入港澳地區，辦理團隊旅遊簽註申請個人赴香港或者澳門旅遊的，辦理個人旅遊簽註。
2、出境情況不同
個人簽證可以自由出入境，團隊簽證必須跟團出境。
也就是說，公民若是跟團出境，則必須是團隊簽註。個人前往，則應是個人簽註。
參考資料：
簽發《往來港澳通行證》及簽註
