不會。
由於水產養殖的特殊性，發酵飼料中包含的有益菌在投放到水體中，透過氧化、氨化、硝化、反硝化以及固氮作用，可以快速降解水體中積累的大量有機物和動植物殘骸產生的有毒有害氣體，降解過程中能夠產生的多種可以直接被水中浮游植物充分利用的無機鹽，增加水中浮游生物的數量，水中大量繁殖的浮游生物又能進一步降解有害物質，改善養殖水體的各項指標，從而淨化水質，促進了魚蝦的生長，形成一種利於魚蝦生長的良性循環。水產養殖動物長期生活在水中，受環境因素的影響較大，接觸到有害菌的機會也比其他養殖要多。在魚蝦腸道內建立一個良性循環的微生物系統，是抵禦病原性感染的最有效方式之一，以此來大量降低藥物的使用量，減少商品魚蝦產品中藥物的殘留量。
