1.保障對象不同
職工醫保面向的人羣相對較窄，主要是企事業單位在職員工、退休職工以及靈活就業人員。
而城鄉居民醫保，保障的人羣範圍更廣，包含下到幼兒上至老人所有年齡的人員，沒有參加職工醫保可以參加居民醫保。不過也要注意：城鄉居民醫保只能在戶籍地參加，而職工醫保可以在工作地參加。
2.繳費的主體、方式不同
職工醫保一般由單位和個人共同承擔費用，按月繳納，由單位負責辦理。一般來說，繳費後的下個月即可享受醫保待遇。靈活就業人員也可以用個人身份參保，但參保後需要等待一定期限，纔可享受醫保待遇。總體來看，絕大多數人是透過工作單位參加職工醫保。
很多人可能因爲換工作等原因導致醫保中斷，職工醫保斷繳超過一定時期(多爲3個月)，會暫停享受醫保待遇，中斷繳費的時期不計入醫保累計繳費年限。如果繼續繳費後，補齊醫保中斷期間的醫保費，中斷的時間則可以計入累計繳費年限。
居民醫保由個人承擔全部費用，一年一繳。居民個人每年的9-12月份，到當地社區或村委會辦理下一年度的參保手續，就可以在下一年全年享受醫保待遇，如果沒有繳納，則下一年不再享受醫保待遇。
3.繳費金額不同
職工醫保繳費的金額相對較高，由單位和個人，每月按一定的比例繳費。城鄉居民醫保費用較低，一般在180-300元不等，今年爲250元，遠低於職工醫保。
4.報銷標準不同
職工醫保的報銷比例較高，通常在70%-90%。並且，退休時累計繳費達到國家規定年限(男性繳滿25年，女性繳滿20年)，退休後滿足一定的繳費年限不用繼續繳納醫保費，仍然可以享受職工醫保報銷待遇。未滿國家規定年限的，需要繳費到規定年限。
城鄉居民醫保的報銷比例多是在40%-80%，需要一直交，才能一直享受醫保報銷待遇。
5.有無個人帳戶
職工醫保有個人帳戶。這部分錢可以在定點醫院購買藥品、門診使用，或者直接在醫保定點藥店刷卡買藥。而城鄉居民醫保，參保人沒有個人帳戶。
