區別一：適用人羣不同
城鎮職工醫療保險的適用人羣爲城鎮所有用人單位的職工，包括企業(國有企業、集體企業、外商投資企業、港澳臺商投資企業、私營企業等)、機關、事業單位、社會團體、民辦非企業等單位的職工。
城鄉居民醫療保險的適用人羣爲：城鎮職工基本醫療保險和新型農村合作醫療覆蓋範圍以外的城鎮居民，主要包括未成年居民、老年居民、以及其他非從業的城鎮成年居民。
區別二：繳費標準不同
城鎮職工醫療保險是根據單位的職工工資總額按一定的繳費比例，由單位統一繳納。單位和個人分別承擔一定比例。
城鄉居民醫療保險是在戶口所在地繳費，同時政府在個人和家庭繳費的基礎上給予補助。補助標準各地市不一樣。
區別三：參保方式不同
城鎮職工醫療保險由參保單位與職工建立勞動（工作）關係當月內爲其辦理參保手續，參保職工從參保繳費當月起享受醫保待遇。
城鄉居民醫保集中參保，參保繳費成功後，享受待遇時間爲次年的1月1日至12月31日。
區別四：報銷標準不同
職工醫保的報銷比例通常在70%-90%。並且，退休時累計繳費達到國家規定年限（一般是，男性繳滿25年，女性繳滿20年，不同地區會有差異），退休後不用繼續繳納醫保費，仍然可以享受職工醫保報銷待遇。未滿國家規定年限的，需要繳費到規定年限。
區別五：有無個人帳戶
職工醫療保險有個人帳戶和統籌帳戶，每月會有一定金額返還到個人帳戶。這部分錢可以在定點醫院購買藥品、門診使用，或者直接在醫保定點藥店刷卡買藥，有些地方還可以用來買商業保險，如深圳、重慶、南京等地。
城鄉居民醫保，參保人沒有個人帳戶。
