二者第一階段的反應相同，都是葡萄糖在酶的催化下分解成丙酮酸、還原氫以及ATP。
1、性質不同：無氧呼吸是在厭氧條件下，厭氧或兼性厭氧微生物以外源無機氧化物或有機物作爲末端氫（電子）受體時發生的一類產能效率較低的特殊呼吸。有氧呼吸是指細胞在氧的參與下，透過多種酶的催化作用，把有機物徹底氧化分解，產生二氧化碳和水，釋放能量，合成大量ATP的過程。
2、特點不同：有氧呼吸是高等動、植物進行呼吸作用的主要形式。無氧呼吸是一類呼吸鏈末端的氫受體爲外源無機氧化物（個別爲有機氧化物）的生物氧化。
3、階段不同：有氧呼吸分爲三階段，其中第三階段有氧氣參與，使有機物完全分解，釋放大量能量，無氧呼吸分爲兩階段，沒有氧氣參與，有機物不完全分解。
有氧呼吸過程
有氧呼吸總反應式：C6H12O6+6H2O+6O2酶→6CO2+12H2O+大量能量(38ATP)。
在有氧呼吸過程中，葡萄糖徹底氧化分解，1mol的葡萄糖在徹底氧分解以後，共釋放出2870kJ的能量，其中有1161kJ的能量儲存在ATP中，1709kJ以熱能形式散失。利用率爲40.45%。
氧化磷酸化（電子傳遞鏈）（反應場所：線粒體內膜）。
