雙核反滲透淨水器出水水質也要比超濾淨水器好得多，出水水質和衛生部門的檢測標準不同，例:出水細菌指標，超濾淨水器按“一般水質處理器”，菌落總數爲100個/毫升。而反滲透淨水器爲20個/毫升。
雙核反滲透淨水器有濃縮水產生，純水供飲用濃縮水(廢水)供洗滌用。而超濾淨水器一般用作洗滌用水，當自來水水質很好時也可用作飲用水。 反滲透淨水器的優點是:水質安全能去除水中各種有害雜質，對供水特發事件效果較好。出水口感較好，能降低水的硬度，煮水容器不結垢。 反滲透淨水器其缺點是:用泵、需通電，有電氣安全問題。接頭多、水壓高，故障率及漏水概率相對較高結構複雜、價格較貴。
