反滲透淨水器的缺點：
一、反滲透淨水機的出水過於純淨，人體常年飲用反滲透水易造成體內礦物質流失，尤其是人體鈣離子流失，導致骨質疏鬆。不過這也是不必擔心的，生活中可從食物中補取的。
二、反滲透淨水機一般經過五級過濾：5微米PP棉、活性炭過濾、1微米PP棉、反滲透膜、T33(活性炭柱），反滲透膜依據水質情況要定期更換，一般可用1-2年，反滲透膜前3級過濾材料需要經常更換，一般爲3-6個月。
三、廢水量大，同時需要用電，而且安裝相對複雜麻煩，由於純水機採用多級過濾方式，所以輔助濾芯更換頻繁，造成成本升高的同時，也容易滋生二次污染的隱患。反滲透淨水機要用到水泵，需要通電，有電氣安全問題，接頭多，水壓高，故障率及漏水概率相對較高，結構複雜，價格成本較高。
1、部分礦物質過濾
現在的反滲透膜過濾效率高，對於一些微量元素也能過濾掉，但我們可透過其它方式進行補充。
2、定期保養
淨水器的濾芯都是有使用壽命的，因此需要定期進行更換、保養。
