崩壞三劇情
延續了《崩壞學園2》的主線劇情，講述了在不遠的未來，神祕的災害“崩壞”侵蝕了世界，被崩壞感染的人類，變成了沒有思維，只懂破壞的“死士”，它們和從崩壞中誕生的巨大怪物“崩壞獸”，一同對這個世界造成了巨大的威脅。
新劇情開啟回顧了一下以往劇情和後崩壞書還有外傳。
主線
遊戲劇情開始於芽衣成為律者並被琪亞娜（K423）感化壓制律者力量之後。
御三家出任務並帶回月光王座，之後出任務去抓風律温蒂，御三家要帶温蒂回學院時，逆熵可可利亞出來搗亂“截胡”並帶走了温蒂和芽衣。德麗莎帶隊去逆熵救援，在以布洛妮婭燒燬腦內生物芯片為代價的情況下救出眾人。為治療布洛妮婭德麗莎去地下數據庫找資料，琪亞娜（K423)尾隨而至並觸發奧托預留的陷阱，經歷了巴比倫實驗室時與西林的戰鬥。然後麗塔出現，在符華的幫助下麗塔成功帶走琪亞娜（K423）。德麗莎與逆熵聯合去救援被抓走的琪亞娜（K423）。琪亞娜（K423）被奧托融合空之律者核心，西林意識覺醒喚來貝納勒斯救主，被符華使用太虛之握和月輪戰甲暫時擊退。西林將芽衣體內的雷之律者核心分離取出帶走。符華回到天命發現奧托真正的目的後要去除掉空律結果被奧托暗算目前生死不明。姬子來到地下見到眾多第四代女武神裝甲，在符華羽渡塵的幫助下穿上帶有炎之律者核心的真紅騎士月食出戰，並將抑制崩壞用的血清注入琪亞娜（K423）體內，壓制了崩壞能喚回了琪亞娜（K423）的主意識，姬子陷入昏迷休克墜入虛數空間目前生死下落不明，琪亞娜逃離。德麗莎繼續追查琪亞娜（K423）下落，然後接到可可利亞的求救聯絡，德麗莎芽衣繼續追蹤琪亞娜（K423），布洛妮婭跟隨愛因斯坦和特斯拉去救援可可利亞，來到量子之海，見到了阿林姐妹，布洛妮婭進入量子之海融合理之律者核心代掌理之律者權能，救出希兒，在被第三勢力世界蛇算計下，釋放出被困量子之海世界泡深處的凱文，自此第三方勢力世界蛇正式登場。
芽衣和天命追逐琪亞娜（K423）來到天穹市發現世界蛇在這裏進行「聖痕計劃」，琪亞娜（K423）在符華使用羽渡塵壓制西林意識的時候解放空之律者力量與麗塔聯手破壞了「聖痕計劃」的實施，事後被感到的女武神幽蘭戴爾帶走至沙漠實驗基地，凱文率領世界蛇攻打至天命實驗基地，琪亞娜（K423）在符華羽渡塵擾亂凱文的情況下趁亂逃走，凱文見到老戰友發現戰友現狀準備一切事情完成後重新喚醒符華，凱文與奧托達成交易撤退。琪亞娜（K423）逃至長空市，芽衣、凱文緊追而至。琪亞娜（K423）體內崩壞能暴走，全世界崩壞能大量增長。芽衣與凱文達成交易。芽衣重新凝聚被西林奪去的雷之律者核心。減少了琪亞娜（K423）體內崩壞能暴走，延緩了琪亞娜（K423）的崩壞能暴走，琪亞娜（K423）與律者化芽衣一戰並暫時分道揚鑣。芽衣隨凱文到了世界蛇，之後冰律誕生芽衣接到任務前往抓捕冰律，天命幽蘭黛爾接到命令前往保護民眾。芽衣趕到後與世界蛇在場幹部夜梟（陳天武）會和準備抓捕冰之律者，趕到後發現冰律正在卵化。芽衣打斷卵化與冰律交戰，交戰後被夜梟（陳天武）暗算，夜梟（陳天武）與冰律安娜是舊識，夜梟（陳天武）救走安娜路上冰封麗塔，芽衣追擊攔截到冰律後將冰律制服之時，夜梟（陳天武）由於極大的負面情緒激化崩壞能在通過崩壞能激化後看見了安娜剛成為女武神第一次上戰場，安娜因為看見戰友隊長倒下害怕逃離戰場，在逃跑中見到了夜梟（陳天武）和他的妹妹陳天文，安娜極其驚恐的看着廢墟中的二人，此時陳天武昏迷陳天文不知是正在轉化為死侍還是肉眼可見的徹底死亡，安娜沒有及時救援而逃走，後陳天武被救出後安娜去安慰陳天武在得知陳天文身份後內心極度愧疚，夜梟（陳天武）以安娜的温柔為支持努力活了下來認定安娜為自己的救命恩人，在得知真相後負面情緒爆發徹底激化崩壞能變為巖之律者（未卵化），但終因崩壞能無法侵蝕機器而導致無法修復身體死亡，臨死前將凝聚的巖之律者核心交予安娜冰律以報答救命之恩。
