飛行控制系統一般主要由主控單元、IMU（慣性測量單元）、GPS指南針模組、LED指示燈模組等部件組成。
1、主控單元是飛行控制系統的核心，透過它將IMU、GPS指南針、舵機和遙控接收機等設備接入飛行控制系統從而實現飛行器自主飛行功能。除了輔助飛行控制以外，某些主控器還具備記錄飛行數據的黑匣子功能，比如：DJI的Ace One。主控單元還能透過USB接口，進行飛行參數的調節和系統的固件升級。
IMU（慣性測量單元），包含3軸加速度計、3軸角速度計和氣壓高度計，是高精度感應飛行器姿態、角度、速度和高度的元器件集合體，在飛行輔助功能中充當極其重要的角色。
GPS指南針模組，包含GPS模組和指南針模組，用於精確確定飛行器的方向及經緯度。對於失控保護自動返航，精準定位懸停等功能的實現至關重要
LED指示燈模組，用於實時顯示飛行狀態，是飛行過程中必不可少的，它能幫助飛手實時瞭解飛行狀態。
