一、FAT（FAT16）檔案系統
這是MS-DOS和最早期的WIN95操作系統中最常見的硬盤分區格式。它採用16位的檔案分配表，能支援最大爲2GB的硬盤分區。
FAT檔案系統優點：FAT（FAT16）是目前應用最爲廣泛和獲得操作系統最多的一種磁盤分區格式，幾乎所有的操作系統都支援這一種格式，從DOS WINDOWS95/98/NT/ME/2000/XP，甚至LINUX都支援這種分區格式。
FAT檔案系統缺點：最大隻支援2GB的分區，而且每個分區最多隻能有65525個簇。因此磁盤利用效率非常 低。因爲在DOS和WINDOWS系統中，磁盤檔案的分配是以簇爲單位的，一個簇只分配給一個檔案使用，不管這個檔案佔用整個簇容量的多少。這樣，即使一 個檔案很小的話，它也要佔用一個簇，剩餘的空間便全部閒置在那裏，形成了磁盤空間的浪費。由於分區表容量的限制，FAT的分區越大，磁盤上每個簇的容量也 越大，造成的浪費也越大。
FAT檔案系統，目前除了一些特殊應用之外，基本上已經不再使用了。試想下，目前主流的硬盤容量已經達到1TB（1TB=1024GB）了，假如使用FAT格式的話，每個分區最大隻能2GB，那麼電腦裏面會有多少個盤符呀！
二、FAT32檔案系統
相信大家對FAT32檔案系統不會太陌生，畢竟從Win98開始，FAT32就已經的到了廣泛的應用。FAT32格式採用32位的檔案分配表，使其對磁盤 的能力大大增強，突破了FAT16對每一個分區的容量只有2GB的限制。Win95以上的操作系統都支援FAT32格式。
FAT32檔案系統優點：突破了FAT對每一個分區的容量只有2GB的限制，可以支援大到2TB（2048G）的分區。在不超過8GB的分區容量下，每個簇的容量都固定爲4KB，與FAT16相比，可以大大減少磁盤的浪費，提高磁盤利用率。
FAT32檔案系統缺點：用 FAT32格式分區的磁盤，由於檔案分配表的擴大，執行速度比採用FAT16格式分區的磁盤要慢，且DOS系統和某些早期的應用軟件不支援這種分區格式。 另外還有一個致命的缺點讓FAT32逐漸被淘汰，這就是FAT32的單個檔案最大隻能支援4GB。現在已經進入高清時代，720P和1080P高清視頻文 件都很容易超過4GB，因此FAT32已經走向沒落。
三、NTFS檔案系統
NTFS是從Windows XP系統開始逐漸成爲主流的磁盤格式，是微軟Windows NT內核的系列操作系統支援的、一個特別爲網絡和磁盤配額、檔案加密等管理安全特性設計的磁盤格式。支援NTFS磁盤格式的操作系統有：WINDOWS NT、WINDOWS2000、WINDOWS2003、WINDOWS XP、WINDOWS vista、WINDOWS7等。因此NTFS目前仍是主流的磁盤格式，有大量用戶在使用。
NTFS檔案系統優點：NTFS分區具有極高的安全性和穩定性，在使用中不易產生檔案碎片。它能對用戶的操作 進行記錄，透過對用戶權限進行非常嚴格的限制，使每個用戶只能按照系統賦予的權限進行操作，充分保護了系統與數據的安全。另外對大部分用戶而言，NTFS 最直觀的優點是，單個檔案的大小突破了FAT32的4GB的限制。
NTFS檔案系統缺點：NTFS雖然有諸多優點，但這些都是針對傳統機械硬盤而設計的，對於新興的Flash 閃存材料不一定適用。NTFS分區是採用“日誌式”的檔案系統，因爲要記錄磁盤的詳細讀寫操作，對U盤這種閃存儲介質會造成較大的負擔，比如同樣存取一個 檔案或目錄，在NTFS系統上的讀寫次數就會比FAT32來得多，理論上NTFS格式的U盤比較容易損壞，而且400MB以下的分區也比FAT16更浪費 空間。
四、exFAT檔案系統
exFAT是近年纔出現的格式，主要針對移動存儲設備，什麼閃存、U盤等。因爲FAT32格式單個檔案不能超過4G，使用NTFS格式又容易損壞閃存芯片，所以纔開發EXFAT格式來解決這些問題。
exFAT檔案系統優點：分區大小和單檔案大小最大可達16EB（16×1024×1024TB）簇大小非 常靈活，最小0.5KB，最高達32MB採用了剩餘空間分配表，空間利用率更高同一目錄下最大檔案數可達65536個支援訪問控制支援 TFAT(WINCE早期檔案系統)。可以看出，ExFAT就是閃存專用的檔案系統，只有U盤和存儲卡才能格式化成exFAT，傳統硬盤是無法格式化成 exFAT格式的，因爲exFAT的特性其實並不比NTFS強，但卻比NTFS及FAT32更適合閃存使用。
exFAT檔案系統缺點：exFAT作爲一種全新的檔案系統，在電腦上的相容性卻不太好，目前主流的XP和Vista默認都不支援ExFAT，XP需升級至SP3補丁、Vista需升級至SP1補丁才能支援它。當然微軟也提供了exFAT的單獨更新檔案，Win7默認支援。
