番木瓜和木瓜的花果期、葉片花型和果實外觀都有所不同，番木瓜全年都可以開花結果，其葉片較大，花朵爲白色，成熟後的果實是橙黃橢圓狀，而木瓜一般只在四月開花，十月結果，其花朵爲粉色，果實爲暗黃色，橫切開種子分佈在5室。
番木瓜和木瓜的花果期有所不同，番木瓜全年都可以開花結果，花果期相對較長，產量大，但番木瓜目前只在我國廣西地區盛產，而木瓜一般只在四月開花，十月結果，一年收一季，產量較低。
番木瓜和木瓜的果實也有所不同。番木瓜成熟後的果實是橙黃橢圓狀，果實中籽粒的分佈沒有規律，切開後種子聚集堆放，而木瓜的果實呈現橢圓形，顏色爲深黃色，果實中的籽粒排列比較均勻，橫切開種子分佈在5室
